Riksåklagare Rodrigo Janot har formellt anklagat president Temer för korruption. Ett av fallen rör hindrande av rättvisa och det andra medlemskap i en kriminell organisation.
Också ytterligare sex andra politiska tungviktare ingår i anklagelsen. President Temer antas dock ha tillräckligt stöd i kongressen för att slippa ställas till svars inför domstol. Det krävs två tredjedels majoritet för att sparka honom från ämbetet.
Rodrigo Janots mandat löper bara till och med denna vecka – sedan tas posten över av Raquel Dodge, som utsetts av Temer själv.
Gryningsräd mot Maggi
I juli lade Rodrigo Janot formellt fram anklagelser om att köttföretaget JBS mutat presidenten. Underhuset i Brasiliens parlament röstade då för att inte stänga av presidenten, men misstankarna kvarstår.
Nyhetsbyrån AFP:s fotograf såg under torsdagsmorgonen hur polis bar ut en dator från jordbruksministern Blairo Maggis hem i huvudstaden Brasilia. Den federala polisen säger i ett uttalande att tillslag gjordes mot 64 adresser i Brasilia, São Paulo och delstaten Mato Grosso, men man vill inte namnge vilka personer som räderna riktade in sig på.
I tillståndet för husrannsakan, som brasilianska medier tagit del av, står att Blairo Maggi anklagas för att ha "förhindrat en brottsutredning mot en kriminell organisation" i sin hemstat.
Många utreds
Utöver sin politiska karriär har Blario Maggi blivit känd som "Sojakungen" för sitt stora sojaimperium och exporten av råvaran. Han har anklagats av miljörättsaktivister för att förstöra regnskogen Amazonas.
I ett uttalande förnekar Maggi några olagligheter i sin politiska och affärsmässiga karriär.
Omkring en tredjedel av Michel Temers regering och hans närmaste vänner står redan under utredning för korruption och mutor kopplade till företag som JBS. Flera ministrar har tvingats avgå.
Michel Temer har bara varit president i ett år, efter det att företrädaren Dilma Rousseff avsattes i en riksrättsprocess.
TT-AFP
Den konservative politikern Michel Temer har styrt Brasilien sedan i maj förra året, då dåvarande presidenten Dilma Rousseff stängdes av i väntan på senatens slutgiltiga avgörande. När Dilma Rousseff slutligen avsattes i augusti förra året tillträdde Temer automatiskt presidentposten.
Michel Temer var Dilma Rousseffs vicepresident och hade en nyckelroll i processen med att ställa henne inför riksrätt. Innan dess betraktades han som en diskret politiker som höll sig borta från rampljuset. En av hans största bedrifter har varit att hjälpa sitt parti PMDB att bilda koalitioner med varje president de senaste två decennierna.
Sedan han tillträdde presidentposten har Michel Temer försökt styra landet åt höger, med en rad marknadsinriktade reformer. Han har samtidigt blivit allt hårdare ansatt av korruptionsanklagelser, som riktats mot både honom och medlemmar av hans regering.